電子取引データ保存
こちらで概要を解説していますので、そもそも電子取引データ保存がわからないという方はご参照下さい。
青色申告の取り消し
紙で保存していた場合には、青色申告の取り消し事由になるとはっきり記載されています。
が、実務上、例えばちょっとしたミスがあって即アウトで取り消されるかというとその可能性は低いのではないかと思います。
電子取引の取引情報に係る電磁的記録については、法第７条の規定により保存義務が課されていることから、その電磁的記録を保存する必要があります。そして、電子取引の取引情報に係る電磁的記録について要件を満たさず保存している場合や、その電磁的記録の保存に代えて書面出力を行っていた場合(※)には、保存すべき電磁的記録の保存がなかったものとして、青色申告の承認の取消の対象となり得ますので注意してください。
『電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】令和5年6月』問66 より
※ 令和３年度の税制改正前の電子取引の取引情報に係る電磁的記録を書面等に出力することにより保存を認める取扱いは廃止されています。
なお、青色申告の承認の取消しについては、保存時に満たすべき要件の違反があったことをもって直ちに必ず行われるものではなく、「個人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」に基づき、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上で行うこととしています。
後段に記載されている通り、指針に従って判断するとのことで、指針には以下のように書かれています。
電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律の要件に従っていない場合における青色申告の承認の取消しに当たっては、電磁的記録又は電子計算機出力マイクロフィルムの備付け又は保存の程度（電磁的記録に代わる書面等による備付け又は保存の有無とその程度を含む。）、今後の改善可能性等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしいと認められるかどうかを検討し、法第127条第１項の規定の適用を判断する。
法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）｜国税庁より
取り消される可能性ももちろんあり得えますが、「改善可能性」と書かれていますので、要件を満たそうと努力していたがミスしてしまった、という風な事業者にまで即取り消しということはないと思われます。
個人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）｜国税庁 (nta.go.jp)
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