関連者間取引の書類保存特例とは？事務運営指針が2026年6月リリース

令和8年税制改正で、「関連者間取引の書類保存特例」が創設されました。移転価格税制のようなストイックな対応をおこなわなければならないのかと、少々ざわついていましたが、2026年6月30日に国税庁ＨＰにて事務運営指針がリリースされました。

この特例のポイントは、たとえば家族経営のような零細企業も射程範囲になるため、事務負担に耐えられない法人はどの程度のレベル感で対処しなければならないのか？という点です。

関連者間取引の書類保存特例

零細企業も対象

この税制改正は、大企業だけでなく、家族経営など小さな会社でも対象となり得ます。

グループ内取引では詳細な資料が作成されないことが多く、実態把握が困難になりがちです。 そのため、取引書類に必要事項の記載がない場合は、特定事項を明確にする書類の保存を義務付けています。

個別の具体的事情を総合的に勘案し、社会通念を踏まえて適切に運用されますが、最悪の場合、青色申告承認を取り消されることもあるという、非常にシビアな税制改正として懸念されていました。

損金との関係

特定事項記載書類の保存等が行われていない場合であっても、そのことのみをもって、関連者間取引に係る費用の損金算入が直ちに認められないことになるものではない。したがって、課税関係の判断に当たっては、関連者間取引の内容及び事実関係について帳簿書類その他の資料から実態の把握に努めるものとし、その結果に基づき実態に即した判断を行うことに留意する。

関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）｜国税庁

この書類保存は、関連者間取引に係る費用の損金算入の要件とはされていません。 保存がないことのみをもって、直ちに損金算入が否認されるわけではありません。

2026年6月30日の国税庁公式リリースによって、この点についてはじめて触れられました。

記載の程度

本特例は、納税者に対して取引の内容及び性質に照らして通常求められる範囲を超える詳細な資料の一律の保存等を求める趣旨のものではない。必要記載事項は、関連者間取引の内容を第三者の立場からみて客観的に把握することができる程度の記載が求められるものである。

関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）｜国税庁

第三者の立場から見て客観的に取引内容を把握できる程度の記載が求められます。 ローカルファイルや電子取引の保存データがある場合は、本特例は適用されません。

調査と処分

実地調査時

書類は納税地等での保存が原則ですが、親会社等で一元管理されている場合も想定されます。 調査担当者の求めに応じて遅滞なく入手して提示できれば、納税地等に保存されているものと扱われます。 保存がないか不十分な場合は、理由や内容を明示した上で合理的な期間内に提示を求められます。

青色取消し

本特例に係る義務の履行の成否の判断は、その性質上、関係法令の解釈や事実認定を伴うため、その保存等の有無のみにより取消処分の要否を決することは、青色申告制度の趣旨に照らし必ずしも適切であるとはいえない。したがって、取消処分の要否に係る判断は、４によりその保存等の状況及びその是正の可否等を把握した上で、その違反の程度その他の事情を踏まえ、適切に行うものとする。

関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）｜国税庁

義務違反があったとしても、その保存の有無のみで直ちに青色申告の承認が取り消されるわけではありません。

違反の程度や是正の可否などを踏まえて適切に判断され、軽微な場合は改善指導にとどめられる可能性もあります。 ただし、欠損金の繰越控除のための帳簿書類の保存要件にも関係するため注意が必要です。

白色法人は？

青色申告法人以外の普通法人であっても、この書類保存の義務は同様に課されます。 実額による算定が困難な場合は、推計課税の要否が検討されることに留意してください。

澁谷税理士事務所の見解

非常識なレベルで、ストイックにいきなり青色申告取り消しになるなどは無さそうな雰囲気です。

しかし、本改正とは別のそもそも論として、関係者（グループ会社や役員親族など）との取引については、もともと税務上の制約は厳しいものです。たとえば、相手が関係者だからといって、取引価格を負けてあげるなどすると、税務の横やりが入り、「税務上の適正価額（≒時価）」との差額に対しても課税されます。

つまり、関係者間取引については、もともと税理士と丁寧に整理した上で進める必要があります。